Според докладите на FDA най-честите странични ефекти на семаглутид включват гадене, диария, повръщане, запек, коремна болка, подуване на корема, замаяност, главоболие, лошо храносмилане, хипогликемия, гастроентерит и гастроезофагеална рефлуксна болест.

В по-сериозни случаи семаглутид може да причини панкреатит, камъни в жлъчката, остро бъбречно увреждане, увреждане на ретината и повишена сърдечна честота.

Хората, приемащи семаглутид, имат 4,6 пъти по-висока честота на панкреатит, отколкото тези, приемащи други видове-лекарства за отслабване, и това също е свързано с повишена честота на гастропареза.